Creating the binary file and see how it is represented

#include <avr/io.h>
int main()
{
       DDRB = 0xFF;
       while (1)
       {
              PORTB ^=0xFF;
        }

}

So this is your file.c and you wana create the binary format of this file use this command:
avr-objcopy    -I  binary   -O   ihex  file.c   file.hex

so that you can see the output in the hexadecimal but it represents the binary values only.

see this for clear understanding:
:10 0000  00  23 69 6E 63 6C 75 64 65 20 3C 61 76 72 2F 69 6F 3D
                      #    i    n   c   l    u    d  e   '  '  <   a   v   r    /    i    o

:10 0010  00  2E 68 3E 0D 0A 0D 0A 69 6E 74 50 6D 61 69 6E 28 A6
                       .    h    >  \r   \n   \r   \n   i   n    t   ' '   m  a   i    n    (

:10 0020  00  76 6F 69 64 29 20 7B 0D 0A 09 44 44 52 42 20 3D C1
                       v   o   i    d    )  ' '    {   \r   \n   \t  D  D   R   B  ' '   =

:10 0030  00  20 30 78 46 46 3B 0D 0A 09 77 68 69 6C 65 20 28 B0
                      '  '  0   x    F  F   ;     \r  \n   \t   w  h   i    l    e   ' '   (

:10 0040  00  31 29 20 7B 0D 0A 09 09 50 4F 52 54 42 20 5E 3D  50
                       1   )   '  '  {    \r   \n  \t   \t  P   O   R   T  B  '  '  ^   =

:10 0050  00  30 78 46 46 3B 0D 0A 09 7D 0D 0A 7D 0D 0A EB